2007年12月6日深圳市政府四屆八十次常務會議討論通過深圳大學醫學院籌建方案，市財政為舉辦醫學院提供全額撥款，第一期建設費用額度30億。2008年12月獲教育部批準，開設臨床醫學專業，同年成立深圳大學醫學院。2013年4月深大成立深圳大學醫學部，旨在進一步整合學科資源，優化學科布局，推動醫學學科發展，探索相對獨立的實體性學部運作模式和機制。

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將在現有學院和專業基礎上，陸續新增護理、康復醫學、公共衛生等專業，加快建設基礎醫學院、生物醫學工程學院、藥學院、公共衛生學院、康復醫學和護理學院和轉化醫學研究院等;也將建設包括2-3個高端直屬附屬醫院和8-10個非直屬臨床學院在內的深圳大學醫療體系，以達到大幅改善臨床教學環境、促進臨床研究和診療水平的目標。

目前，醫學部已經擁有一所附屬醫院(市二院)，另外一所位于西麗新校區的附屬醫院正在建設中;已經與深圳市多個市和區醫院建立了戰略合作關系，深圳市第3人民醫院(傳染病院)、第5人民醫院(羅湖醫院)、康寧醫院、眼科醫院、南山醫院、龍崗耳鼻喉醫院、孫逸仙心血管醫院已經簽約成為深圳大學附屬醫院。

醫學部在深圳大學后海校區起步，已規劃建設的醫學部校區位于西麗大學城，規劃建筑面積達15萬平方米。直屬附屬學府醫院毗鄰醫學部新校區，與醫學部同步建設，其建設目標是建成與國際接軌的集醫療、教學、科研、康復和預防保健為一體的、具有專科特色的綜合型、高端三級甲等教學醫院。